解题思路：蛋白质分子的多样性与组成蛋白质的氨基酸的种类、数目、排列顺序和蛋白质的空间结构有关．
A、氨基酸数目不同是蛋白质多样性的原因之一，A错误；
B、肽链的空间结构不同是蛋白质分子多样性的原因之一，B错误；
C、氨基酸的排列顺序不同是蛋白质多样性的原因之一，C错误；
D、蛋白质分子中肽键的结构是相同的，都是-CO-NH-，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质分子结构多样性的原因．
考点点评： 对于蛋白质多样性原因的理解、记忆是本题考查的重点．
决定蛋白质的分子结构具有多样性的原因不包括（ ）