解题思路：生命系统的结构层次
（1）生命系统的结构层次由小到大依次是细胞、组织、器官、系统、个体、种群、群落、生态系统和生物圈．
（2）地球上最基本的生命系统是细胞．分子、原子、化合物不属于生命系统．
（3）生命系统各层次之间层层相依，又各自有特定的组成、结构和功能．
（4）生命系统包括生态系统，所以应包括其中的无机环境．
A、一所校园内所有的树木不是一个群落，群落应包括该环境中的所有生物，A错误；
B、一条河流既包括生物部分，也包括无机环境，故是一个生态系统，B正确；
C、一只小狗属于个体生命系统层次，C错误；
D、一只草履虫既属于细胞生命系统层次，也属于个体生命系统层次，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 细胞的发现、细胞学说的建立、内容和发展．
考点点评： 本题考查生命系统的结构层次，意在考查学生的识记和理解能力，属于容易题，关键理解细胞是最基本的结构层次．