解题思路：由题意可得，函数的周期为8，f（x）在区间[-2，2]上是增函数，可得f（-10）=f（-2）＜0，f（3）=-f（7）=-f（-1）＞0，f（40）=f（0）=0，从而得出结论．
∵定义在R上的奇函数f（x），满足f（x+4）=-f（x），
∴f（x+8）=f（x），故函数的周期为8．
再根据f（x）在区间[0，2]上是增函数，可得f（x）在[-2，0]上也是增函数，
∴f（x）在区间[-2，2]上是增函数．
∵f（-10）=f（-2）＜f（0）=0，f（3）=-f（7）=-f（-1）＞0，f（40）=f（0）=0，
∴f（-10）＜f（40）＜f（3），
故选：D．
点评：
本题考点： 函数的周期性．
考点点评： 本题主要考查函数的周期性、单调性的综合应用，体现了转化的数学思想，属于基础题．