都可以,聚丙烯酰胺大板一般跑DNA,SSR标记多用它,分辨率高,随着测序技术的发展,新标记如indel 、caps的开发,使用琼脂糖胶跑DNA多态性显得方便简单,聚丙烯酰胺凝胶逐渐被淘汰；小板聚丙烯酰胺凝胶现在多用来跑蛋白.