解题思路：图示A基因控制猩红色，B基因控制猩红色，同时具有A、B基因为深红色，即同时具有A、B基因是深红色，只含有一种显性基因是猩红色，而没有显性基因是无色．类比推理是根据两个或两类对象有部分属性相同，从而推出它们的其他属性也相同的推理．由题意实验组①和实验组②知，正交反交的结果不同，则这种性状遗传和性染色体有关，至少有一对染色体是位于性染色体X染色体上的，又因为为题目告诉两对等位基因独立遗传，则这两对等位基因一对位于X染色体上，一对位于常染色体上．
I．（1）美国遗传学家萨顿提出了基因和染色体行为存在着明显的平行关系的假说，他认为：两者在杂交过程中都保持完整性和独立性；基因和染色体在体细胞中都是成对存在，生殖细胞中减半； 成对存在的基因或染色体都是一个来自父方，一个来自母方；在形成配子时，非同源染色体以及非等位基因都表现出自由组合
（2）类比推理是根据两个或两类对象有部分属性相同，从而推出它们的其他属性也相同的推理．萨顿提出的假说中认为基因和染色体在很多方面是一致的，其运用的方法就是 类比推理 法；后来根摩尔根及其同事以果蝇为实验材料，证明了果蝇的白眼基因就在X染色体上，成为第一个被定位的基因．
Ⅱ．（1）图中A与B基因是通过控制相关酶的合成，从而催化无色形成猩红色或深红色的，体现了基因可通过 控制酶的合成控制代谢过程进而控制生物性状．
（2）由题意实验组①和实验组②知，正交反交的结果不同，则这种性状遗传和性染色体有关，至少有一对染色体是位于性染色体X染色体上的，又因为为题目告诉两对等位基因独立遗传，则这两对等位基因一对位于X染色体上，一对位于常染色体上．假设A、a位于常染色体上，则B、b位于X染色体上，实验组①的亲本基因型应该为甲aaXBY，乙为AAXbXb，后代基因型及表现型比例为为AaXBXb（深红色雌性）：AaXbY（猩红色雄性）=1：1，与题意中表格内容不符合，假设错误，所以位于常染色体上的是B、b，位于X染色体上的是A、a，两个实验组亲本及其后代的基因型如下：实验1：甲BBXaY×乙bbXAXA，后代的基因型及其表现型比例为BbXAXa（深红色雌性）：BbXAY（深红色雄性）=1：1；实验2：甲BBXaXa×乙bbXAY，后代的基因型及其表现型比例为BbXAXa（深红色雌性）：BbXaY（猩红色雄性）=1：1．由以上分析知道实验2的F1中深红眼雌蝇和猩红眼雄蝇的基因型分别BbXAXa、BbXaY．
（3）实验1的F1的基因型及其表现型为BbXAXa（深红色雌性）、BbXAY（深红色雄性）雌雄之间互交，BbXAXa与BbXAY杂交，计算结果有两种方法：一是棋盘法，画出16棋盘，很直观的可以看出结果是深红眼雌蝇：猩红眼雌蝇：深红眼雄蝇：猩红眼雄蝇：无色雄蝇=6：2：3：4：1；二是按照自由组合的理念，先计算一对等位基因杂交的结果，再计算另一对等位基因的杂交结果，所得结果相乘，即最后答案．两种思路结果一直，均为深红眼雌蝇：猩红眼雌蝇：深红眼雄蝇：猩红眼雄蝇：无色雄蝇=6：2：3：4：1．
故答案是：
Ⅰ．（1）基因和染色体在体细胞中都是成对存在，生殖细胞中减半 成对存在的基因或染色体都是一个来自父方，一个来自母方
（2）类比推理 果蝇的白眼基因
Ⅱ．（1）控制酶的合成控制代谢过程
（2）BbXAXaBbXaY
（3）深红眼雌蝇：猩红眼雌蝇：深红眼雄蝇：猩红眼雄蝇：无色雄蝇=6：2：3：4：1
点评：
本题考点： 伴性遗传．
考点点评： 本题考查伴性遗传的相关知识点，意在考查学生对所学知识的理解与掌握程度，培养了学生分析图表、获取信息、解决问题的能力．