解题思路：A、根据铅笔芯在纸上画过会留下黑色痕迹，是因为铅笔芯的主要成分石墨很软进行解答；
B、根据金刚石、石墨和C60它们都是由碳原子构成，所以导致化学性质相似，碳原子的排列方式不同，导致物理性质差异很大进行解答；
C、根据一氧化碳难溶于水进行解答；
D、根据碳在常温下化学性质稳定进行解答．
A、铅笔芯在纸上画过会留下黑色痕迹，是因为铅笔芯的主要成分石墨很软，故A错误；
B、金刚石、石墨和C60它们都是由碳原子构成，所以导致化学性质相似，碳原子的排列方式不同，导致物理性质差异很大，故B错误；
C、一氧化碳难溶于水，所以在煤炉上放一壶水不能防止一氧化碳中毒，故C错误；
D、碳在常温下化学性质稳定，所以在书写具有保存价值的档案时，规定使用碳素墨水，故D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 碳单质的物理性质及用途；一氧化碳的毒性；碳的化学性质．
考点点评： 本题考查了化学知识与在生活中的应用，完成此题，可以依据物质的性质进行．