解题思路：A．根据物质的组成和有机物的概念来分析；
B．根据分子的构成来分析；
C．根据物质的化学式来分析；
D．根据化合物中元素质量分数的计算方法来分析．
由该物质的分子结构模型可知其化学式为：C9H10O3．
A．由化学式可知，该物质是由碳、氢、氧三种元素组成的化合物，属于有机化合物，故正确；
B．由化学式可知，该物质的1个分子是由9个碳原子、10个氢原子和3个氧原子构成的，1个碳原子中有6个质子、1个氢原子中有1个质子、1个氧原子中有8个质子，那么该物质的一个分子中含有88个质子，故正确；
C．由该物质的化学式C9H10O3可知，该物质分子中碳、氧原子的个数比为9：3=3：1，故正确；
D．由该物质的化学式C9H10O3可知，该物质中碳元素的质量为：12×9=108，氢元素的质量为：1×10=10，氧元素的质量为：16×3=48，可见其中氢元素的质量分数最小，故错误．
故选D．
点评：
本题考点： 化学式的书写及意义；有机物与无机物的区别；元素的质量分数计算．
考点点评： 利用物质的分子模型图，正确认识物质的分子构成，并掌握有关化学式的意义，这样才能顺利完成本题的解答．