（1）该实验变量是细菌，甲组是对照组，乙组是实验组；因为这个实验方案的目的是研究细菌对植物遗体的分解作用，所以在设置对照组时，要控制其他可能影响实验结果的条件．即除了有无细菌的条件不同外，其他条件都应该相同，因此甲乙两组要用相同的实验材料．
（2）因为细菌适宜生活在潮湿的环境中．所以要让实验材料保持潮湿的理由是细菌生存需要水．
（3）三个实验设计中的对照组都是甲组，方案3最合理．因为实验前对照组与实验组所处的条件完全相同（都进行灭菌处理）；而实验后，除单一变量（接种与不接种）外，对照组与实验组又处于相同的条件下（无菌的条件）．可见，只有方案3排除了所有影响实验的干扰．因此，与方案1和方案2比较，方案3的实验结果更有说服力．
故答案为：（1）在设置对照组时，要控制其他可能影响实验结果的条件．即除了有无细菌的条件不同外，其他条件都应该相同，因此甲乙两组要用相同的实验材料；
（2）细菌生存需要水；
（3）方案三；方案一中甲乙两组均没有进行灭菌处理；方案二中乙组没进行灭菌处理．