解题思路：阅读题干和题图可知，本题是有氧呼吸的过程，分析题图梳理有氧呼吸过程的知识，然后根据选项描述分析判断．
A、分析题图可知，1是细胞质基质，是液态部分，没有膜结构，3是线粒体内膜，具有1层生物膜，A错误；
B、分析题图可知，1是细胞质基质，进行有氧呼吸的第一阶段，2是线粒体基质，进行有氧呼吸的第二阶段，反应不同，酶不同，B错误；
C、产生大量ATP的是3线粒体内膜，进行有氧呼吸的第三阶段，C错误；
D、分析题图可知，甲、乙分别代表丙酮酸、[H]，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 有氧呼吸的过程和意义；无氧呼吸的概念与过程．
考点点评： 本题的知识点是有氧呼吸的三个阶段，场所，反应物和产物及释放能量的多少，主要考查学生对有氧呼吸过程的理解和掌握程度．