解题思路：本题主要考查人类遗传病的知识．
1、人类遗传病是指由于遗传物质改变而引起的人类疾病，主要可以分为单基因遗传病、多基因遗传病和染色体异常遗传病．
2、一个家族几代中都出现的疾病不一定是遗传病，遗传病不一定是基因病还可能是染色体出现异常．
3、遗传病不一定是先天性疾病，可能要到了一定的年龄阶段才会发病；先天性疾病不一定是遗传病，如孕妇怀孕期间因病毒感染，导致胎儿心脏畸形；分娩过程中产程过长使胎儿严重缺氧所致的脑瘫，都不属于遗传病．
A、根据调查数据判断不出这两种病是显性遗传病，还是隐性遗传病，A错误．
B、若这两对等位基因分别位于常染色体与X染色体上，则这两对等位基因的遗传符合自由组合定律，B错误；
C、根据C选项中的假设条件“甲病患者中有200个人为纯合子”可知，其他甲病患者应为杂合子，故推出甲病为显性遗传病，患甲病的人共有291+10+287+2=590（个），共含有致病基因200×2+（590-200）=790（个），调查总人数为291+150+10+4549+287+13+2+4698=10000（个），因此致病基因的频率为790÷（2×10000）×100%=3.95%，C错误；
D、由于甲病的男女患者数量之比接近1：1，因此甲病的致病基因很可能位于常染色体上；乙病中男患者明显多于女患者，因此乙病的致病基因很可能位于X染色体上，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 人类遗传病的监测和预防；人类遗传病的类型及危害．
考点点评： 本题主要考查学生对知识的记忆和理解能力．遗传病的监测和预防的手段主要包括遗传咨询和产前诊断．产前诊断是指在胎儿出生前，医生用专门的检测手段，如羊水检查、B超检查、孕妇血细胞检查以及基因诊断等手段，确定胎儿是否患有某种遗传病或先天性疾病．