解题思路：生态工程原理：1）物质循环再生原理：物质能在生态系统中循环往复，分层分级利用；
2）物种多样性原理：物种繁多复杂的生态系统具有较高的抵抗力稳定性；
3）协调与平衡原理：生态系统的生物数量不能超过环境承载力（环境容纳量）的限度；
4）整体性原理：生态系统建设要考虑自然、经济、社会的整体影响；
5）系统学和工程学原理：系统的结构决定功能原理：要通过改善和优化系统结构改善功能；
6）系统整体性原理：系统各组分间要有适当的比例关系，使得能量、物质、信息等的转换和流通顺利完成，并实现总体功能大于各部分之和的效果，即“1+1＞2”．
A、系统学和工程学原理：系统的结构决定功能原理：要通过改善和优化系统结构改善功能系统整体性原理：系统各组分间要有适当的比例关系，使得能量、物质、信息等的转换和流通顺利完成，并实现总体功能大于各部分之和的效果，即“1+1＞2”，故A错误；
B、生态适应性问题，体现了生物与环境的协调与平衡原理；树种多样性问题体现了物种多样性原理，故B正确；
C、整体性原理是指生态系统建设要考虑自然、经济、社会的整体影响．而“三北防护林”工程没有考虑经济问题．生态适应性问题，体现了生物与环境的协调与平衡原理；树种多样性问题体现了物种多样性原理，故C错误；
D、生态适应性问题，体现了生物与环境的协调与平衡原理；树种多样性问题体现了物种多样性原理．整体性原理是指生态系统建设要考虑自然、经济、社会的整体影响，而“三北防护林”工程没有考虑经济问题，故D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 生态工程依据的生态学原理；如何进行生态工程的设计．
考点点评： 本题考查生态工程所遵循的基本原理的知识，意在考查考生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力．