解题思路：根据题意，分两种情况：①点B在线段AC外；②点B在线段AC上；计算、解答出即可；
根据题意，
①点B在线段AC外，如图，
∵AC=5.4cm，BC=3.6cm，E、F分别是线段AC、BC的中点，
∴EF=[1/2]AC+[1/2]BC
=[1/2]×5.4cm+[1/2]×3.6cm，
=4.5cm；
②点B在线段AC上，如图，
∵AC=5.4cm，BC=3.6cm，E、F分别是线段AC、BC的中点，
∴EF=[1/2]AC-[1/2]BC
=[1/2]×5.4cm-[1/2]×3.6cm，
=0.9cm．
故答案为：4.5cm或0.9cm．
点评：
本题考点： 两点间的距离．
考点点评： 本题主要考查了两点间的距离，画出图形，有利于直观解答，注意区分不同的情况，体现了数形结合思想．