解题思路：观察是科学探究的一种基本方法．科学观察可以直接用肉眼，也可以借助放大镜、显微镜等仪器，或利用照相机、录像机、摄像机等工具，有时还需要测量．
A、用直尺测量肾蕨的高度属于测量法，A错误；
B、用金鱼藻来研究植物在光下产生氧气属于实验法，B错误；
C、调查校园内的种子植物属于调查法，C错误；
D、用放大镜观察葫芦藓孢蒴里的孢子属于观察法，D正确．
故选：D
点评：
本题考点： 科学探究的基本方法．
考点点评： 在观察中要注意从多方面、多层次、多角度来审视观察对象，不能以局部代替整体，不能以主观代替客观事实，还要注意抓住事物的本质特征，不能被表面现象所迷惑．