解题思路：本题是对新物种形成的概念、种群基因频率变化和自然选择的实质与生物多样性的综合性考查，梳理新物种形成的概念、种群基因频率变化和自然选择的实质与生物多样性的相关知识点，然后结合选项涉及的具体内容分析综合进行判断．
A、豌豆属于自交生物，所以杂合高茎的基因型频率不等于高茎基因频率与矮茎基因频率乘积的两倍，A错误；
B、野生物种灭绝后会使部分基因消失而使本物种的基因的多样性降低，B正确；
C、一个区域的物种数量增加不一定会导致该区域生态系统的稳定性增强，如部分外来物种，C错误；
D、一个种群只包含一个物种，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；基因频率的变化；生态系统的稳定性．
考点点评： 本题的知识点是物种形成的标志，自然选择的实质与结果，生物多样性，对于基础知识的理解和灵活运用是解题的关键．