解题思路：A．理论具有一定的时代性和局限性；
B．同位素的种类与同素异形体的种类无关；
C．分子与离子是不同的微粒；
D．H3分子的存在，利用传统的价键理论不能解释．
A．因理论具有一定的时代性和局限性，宇宙中发现H3分子，则存在该分子，故A错误；
B．同位素的种类与同素异形体的种类无关，则可能还有氢单质，也可能没有，故B错误；
C．分子与离子是不同的微粒，所以H3分子不能写出H3+，故C错误；
D．H3分子的存在，利用传统的价键理论不能解释，即传统的价键理论有一定的局限性有待继续发展，故D正确；
故选D．
点评：
本题考点： 化学键．
考点点评： 本题考查化学键，题目难度较大，注意理论的时代性和局限性是解答本题的关键，注意宇宙中发现H3分子，即存在该物质来解答．