解题思路：A、原子晶体是原子间通过共价键结合形成的空间网状结构的晶体；
B、含有离子键的化合物是离子化合物；
C、分子中原子之间存在化学键；
D、金属晶体含有阳离子，不含有阴离子．
A、原子晶体是原子间通过共价键结合形成的空间网状结构的晶体，所以原子晶体中只含有共价键，故A正确；
B、含有离子键的化合物是离子化合物，离子晶体中可能含有共价键，如NaOH中含有共价键，故B错误；
C、分子晶体中只存在分子间作用力，但分子内原子之间存在化学键，故C错误；
D、金属晶体由阳离子和自由电子构成，不含有阴离子，故D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 共价键的形成及共价键的主要类型．
考点点评： 本题考查了晶体的类型和性质，注意把握分子晶体在溶剂中溶解性的判断方法，题目难度不大．