解题思路：生物变异包括可遗传的变异和不可遗传的变异，其可遗传的变异又包括基因突变、基因重组和染色体变异（染色体结构变异和染色体数目变异），这三者均能为生物进化提供原材料，其中基因突变能产生新基因，是生物变异的根本来源．据此答题．
A、基因突变能产生新基因，是生物变异的根本来源，A正确；
B、基因重组属于生物变异，但不是生物变异的根本来源，B错误；
C、染色体变异属于生物变异，但不是生物变异的根本来源，C错误；
D、基因的分离不属于变异，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因突变的特征．
考点点评： 本题考查生物变异的相关知识，要求考生识记生物变异的类型，掌握可遗传变异的种类及各自的意义，明确基因突变能产生新基因，是生物变异的根本来源，再选出正确的答案即可．