解题思路：A、根据化学变化的特征进行判断．
B、根据题干信息结合性质与结构关系进行分析．
C、分析四种物质的组成．
D、原子排列方式不同，物理性质不同．
A、化学变化的特征是有新物质生成，根据题意知石墨和石墨烯是不同物质，所以发生了化学变化，正确．
B、因为它们是不同的物质，碳原子的排列方式不相同，正确．
C、因为它们都是由碳元素组成的，在氧气中充分燃烧时都生成二氧化碳，正确．
D、它们的碳原子的排列方式不同，结构不同，物理性质也不同．所以错误．
故选D
点评：
本题考点： 碳元素组成的单质；碳的化学性质；化学变化和物理变化的判别．
考点点评： 本题主要考查学生对化学反应和有机物的概念及分子组成等有关知识的考查．