解题思路：A、生物质能源中的有害物质含量很低，属于清洁能源；
B、人类活动涉及了许多的化学变化，对自然界的物质循环会造成不同程度的影响；
C、制造光导纤维的物质是二氧化硅；
D、铜离子属于重金属离子，可以使蛋白质变性．
A、生物质能源是从太阳能转化而来，通过植物的光合作用将太阳能转化为化学能，储存在生物质内部的能量，与风能、太阳能等同属可再生能源，生物质能源中的有害物质含量很低，清洁、低碳，属于清洁能源，故A错误；
B、人类活动一定程度上破坏了自然界的物质循环，例如人工固氮、工业燃烧没脱硫的煤分别影响了氮、硫元素在自然界的循环，故B错误；
C、单晶硅可制作半导体材料和太阳能电池等，制造光导纤维的物质是二氧化硅，故C错误；
D、可溶性铜盐中含有重金属离子铜离子，重金属离子可以使蛋白质变性，所以说可溶性铜盐有毒；铜与人体健康有着密切的关系，铜是人体健康内一种必需的微量元素，在人体的新陈代谢过程中起着重要的作用，故D正确；
故选：D．
点评：
本题考点： 常见的生活环境的污染及治理；硅和二氧化硅；微量元素对人体健康的重要作用．
考点点评： 本题突出了新能源、新型材料的相关知识，与实际生产联系密切，时代气息强，而对微量元素的考查较细致，由于微量元素种类较多，容易出现判断盲点．