解题思路：①果蝇的白眼是基因突变，②豌豆的黄色皱粒、绿色圆粒属于基因重组，③八倍体小黑麦的出现是染色体变异，④人类的色盲属于基因突变，⑤玉米的高茎皱形叶属于基因重组，⑥人类的镰刀型细胞贫血症属于基因突变．
A、①是基因突变，②是基因重组，③是染色体变异，三者不是同一种变异类型，A错误；
B、②是基因重组，③是染色体变异，④是基因突变，三者不是同一种变异类型，B错误；
C、②⑤属于基因重组，③是染色体变异，C错误；
D、②⑤都是基因重组，变异来源相同，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因重组及其意义；基因突变的原因；染色体结构变异的基本类型；染色体数目的变异．
考点点评： 本题的知识点是可遗传变异的来源，对于基因突变、基因重组、染色体变异的典型例子分析是解题的关键．