解题思路：1、基因重组的概念：生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合．
2、类型：基因重组有自由组合和交叉互换两类．前者发生在减数第一次分裂的后期（非同源染色体的自由组合），后者发生在减数第一次分裂的四分体（同源染色体的非姐妹染色单体的交叉互换）．另外，外源基因的导入也会引起基因重组．
A、基因重组是生物变异的来源之一，对生物的进化具有重要的意义，基因突变是生物变异的根本来源，A错误；
B、基因重组不能形成新基因，但能产生新的基因型，B错误；
C、同源染色体上的等位基因随非姐妹染色单体的交换而发生交换，导致染色单体上的基因重组，但非同源染色体上片段的交换属于染色体结构变异的易位，C错误；
D、非同源染色体上的非等位基因发生自由组合属于基因重组，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因重组及其意义．
考点点评： 本题考查基因重组的相关知识，意在考查学生理解基因突变、基因重组和染色体结构变异的区别，比较抽象，需要耐心分析．