解题思路：磷光杆菌是原核生物，原核细胞与真核细胞相比，最大的区别是原核细胞没有被核膜包被的成形的细胞核（没有核膜、核仁和染色体）；原核细胞可遗传的变异来源只有基因突变一种；原核细胞只有核糖体一种细胞器，但原核生物含有细胞膜、细胞质结构，含有核酸和蛋白质等物质．据此答题．
A、磷光杆菌是原核生物，其细胞中不含线粒体，A错误；
B、磷光杆菌是原核生物，其细胞只有核糖体一种细胞器，B正确；
C、原核生物和真核生物的基因中都有与RNA聚合酶的结合位点，C正确；
D、所有生物都能发生基因突变，D正确．
故选：A．
点评：
本题考点： 原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同．
考点点评： 本题以磷光杆菌为素材，考查原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同，首先要求考生明确磷光杆菌是一种原核生物；其次要求考生识记原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同，明确原核细胞只有核糖体一种细胞器，再准确判断各选项．