解题思路：1、基因突变是指DNA分子中发生碱基对的替换、增添和缺失而引起基因结构的改变．基因突变最易发生于DNA分子复制过程中，即细胞有丝分裂间期（导致体细胞发生突变）或减数第一次分裂前的间期（导致生殖细胞发生突变）．
2、基因突变的特征：
（1）基因突变在自然界是普遍存在的；
（2）变异是随机发生的、不定向的；
（3）基因突变的频率是很低的；
（4）多数是有害的，但不是绝对的，有利还是有害取决于生物变异的性状是否适应环境．
A、生物的可遗传变异包括基因突变、基因重组和染色体变异，其中基因突变是可遗传变异的根本来源，A正确；
B、基因突变可以产生新基因，可能导致出现新的基因型，而基因重组只能产生新的基因型，B正确；
C、基因突变具有不定向性，A基因可以突变成A1、A2、A3…，也可以突变成a1、a2、a3…，C正确；
D、基因中碱基对发生改变，则一定发生了基因突变，都是由于密码子的简并性，则不一定能改变生物性状，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因突变的特征．
考点点评： 本题考查基因突变的特征的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．