影响蛋白质二级结构形成的因素:1、与溶剂分子（一般是水）的相互作用；2、溶剂的pH和离子组成；3、蛋白质的氨基酸序列（最主要的因素）.而他们是通过影响稳定二级结构的作用力（氢键、范德华力、疏水作用力和盐键）来影响蛋白质二级结构的形成的.
如：一条肽链的氨基酸序列中存在多聚丙氨酸,在pH7的水溶液中能自发形成α螺旋结构,因为Ala的R基小且不带电荷. 一条肽链的氨基酸序列中存在多聚异亮氨酸不能形成α螺旋,因为Ile的α-碳原子附近有较大的R基,造成空间位阻.而多聚脯氨酸的α-碳原子参与R基的吡咯的形成,肽键不惧酰胺氢,无法形成氢键和α螺旋. 肽链的氨基酸序列中脯氨酸、甘氨酸经常形成β-转角,因为Pro具有环状结构和固定的Φ角,有助于β-转角形成,促进多肽链自身回折,也有助于β折叠片的形成.Gly无侧链,易于调整空间位阻,易于β-转角的形成.
而pH能影响氨基酸的带电荷性,如多聚赖氨酸在pH7不形成α螺旋,因为在此pH下Lys的R基带正电荷,静电排斥,不能形成内氢键,而在pH12时自发形成α螺旋.
溶液的离子和溶剂的介电常数不同,影响盐键,通常盐键因非极性溶剂的加入而加强,加入盐类而减弱.