解题思路：A、碳酸钙与二氧化碳的水溶液反应生成可溶性的碳酸氢钙；
B、根据雨后彩虹是由于光在雨滴中发生了折射；
C、人类目前主要应用的是化学能；
D、根据“生物固氮”的概念来分析．
A．碳酸钙与二氧化碳的水溶液反应生成可溶性的碳酸氢钙，方程式为：CaCO3+H2O+CO2=Ca（HCO3）2所以溶解了CO2的雨水能把石头穿透，故A正确；
B、“雨后彩虹”是与胶体、光学等知识有关的自然现象，故B正确；
C、人类目前直接利用的能量大部分是由化学反应产生的，故C正确；
D、豆科植物根部的根瘤菌，能将大气中游离态的氮经固氮酶的作用生成氮的化合物，不是通过叶片，故D错误；故选D．
点评：
本题考点： 胶体的重要性质；化学反应的能量变化规律；氮的固定．
考点点评： 本题主要考查了二氧化碳的性质、胶体的性质、生物固氮的原理等，注意相关知识的积累，题目较简单．