①MnO4-有颜色，不能大量共存，故①错误；
②pH=11的溶液呈碱性，离子之间不发生任何反应，可大量共存，故②正确；
③c（H+）=1×10-13mol•L-1的溶液呈碱性，离子之间不发生任何反应，可大量共存，故③正确；
④由水电离出的c（OH-）=10-13mol•L-1的溶液可能呈碱性，也可能呈酸性，无论溶液呈酸性还是碱性，离子都可大量共存，故④正确；
⑤酸性溶液中，Fe2+、I-与NO3-发生氧化还原反应而不能大量共存，故⑤错误．
故选A．
①MnO4-有颜色，不能大量共存，故①错误；
②pH=11的溶液呈碱性，离子之间不发生任何反应，可大量共存，故②正确；
③c（H+）=1×10-13mol•L-1的溶液呈碱性，离子之间不发生任何反应，可大量共存，故③正确；
④由水电离出的c（OH-）=10-13mol•L-1的溶液可能呈碱性，也可能呈酸性，无论溶液呈酸性还是碱性，离子都可大量共存，故④正确；
⑤酸性溶液中，Fe2+、I-与NO3-发生氧化还原反应而不能大量共存，故⑤错误．
故选A．