是指分子结构完全相同的物质,包括原子之间的连接顺序、立体取向都完全一致（排除同分异构体,包括也要排除立体异构、手性异构）.
举例：分子式为C4H9Cl的物质,实际上有1-氯丁烷、左旋2-氯丁烷、右旋2-氯丁烷、2-甲基-2-氯丙烷等四种同分异构体.其中,左、右旋2-氯丁烷是原子间连接顺序完全相同,而中心碳原子上共价键的立体取向不同的手性异构体.只有满足这些条件完全相同,才能算是相同的物质.所以,有机物中必须（也常见）要区分同分异构体.另一例,如2-丁烯,也有两种异构,即顺式2-丁烯和反式2-丁烯.不是手性异构,但连接顺序却是相同的.也是共价键取向不一致.类似例子不胜枚举.