解题思路：生命系统的结构层次
（1）生命系统的结构层次由小到大依次是细胞、组织、器官、系统、个体、种群、群落、生态系统和生物圈．
（2）地球上最基本的生命系统是细胞．分子、原子、化合物不属于生命系统．
（3）生命系统各层次之间层层相依，又各自有特定的组成、结构和功能．
（4）生命系统包括生态系统，所以应包括其中的无机环境．
①水分子不属于生命系统，①错误；
②石头不属于生命系统，②错误；
③迁徙中的一群大雁属于种群，③正确；
④变形虫属于细胞或个体层次，④正确；
⑤病毒不属于生命系统，⑤错误；
⑥生物圈属于生命系统的层次，⑥正确；
⑦恐龙化石不属于生命系统，⑦错误；
⑧蛋白质不属于生命系系统，⑧错误；
⑨跳动的心脏属于器官层次，⑨正确；
⑩运输营养的筛管属于组织，⑩正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 细胞的发现、细胞学说的建立、内容和发展．
考点点评： 本题主要考查生命系统的结构层次，意在考查学生的识记和理解能力，注意地球上最基本的生命系统是细胞，分子、原子、化合物、病毒不属于生命系统．