解题思路：脱水缩合是指一个氨基酸分子的羧基和另一个氨基酸分子的氨基相连接，同时脱出一分子水，所以脱去的水分子中的氢原子来自氨基和羧基．脱水缩合过程中的相关计算：
（1）脱去的水分子数=形成的肽键个数=氨基酸个数-肽链条数；
（2）蛋白质分子至少含有的氨基数或羧基数，应该看肽链的条数，有几条肽链，则至少含有几个氨基或几个羧基；
（3）蛋白质分子量=氨基酸分子量×氨基酸个数-水的个数×18．
（1）该蛋白质形成过程中脱去的水分数=氨基酸数-肽链数=100-3=97个；
（2）该蛋白质的分子量=氨基酸分子量×氨基酸个数-水的个数×18=100×128-97×18=11054．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 本题考查蛋白质的合成--氨基酸脱水缩合，要求考生识记氨基酸脱水缩合的过程，掌握该过程中的相关计算，能运用其延伸规律答题．