解题思路：基因型是指某一生物个体全部基因组合的总称，它反映生物体的遗传构成，即从双亲获得的全部基因的总和．
表现型指生物个体表现出来的性状．
生物体的表现型是由基因型和环境的共同作用决定．
A、基因是有遗传效应的DNA片段，基因主要位于染色体上，少数位于细胞质中，A正确；
B、基因是有遗传效应的DNA片段，DNA的片段并非都是基因，故序列改变不一定会引起基因突变，B错误；
C、由于基因突变可能发生在非编码区及密码子的简并性，生物发生基因突变后不一定会导致生物的性状发生改变，C错误；
D、表现型相同的生物基因型不一定相同，基因型相同的生物表现型也不一定相同，因还受环境的影响，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因与DNA的关系；性状的显、隐性关系及基因型、表现型；基因突变的特征．
考点点评： 本题考查了基因的概念及基因型和表现型的关系，解答此类题目的关键是理解生物的性状是由基因控制的，但同时也受环境的影响．