A、整除就是若整数“a”除以大于0的整数“b”，商为整数，且余数为零． 由于0.3为小数，所以9能被0.3整除说法错误．
B、在自然数中，除了1和它本身外，没有别的因数的数为质数，由此可知，最小的质数为2，2也是偶数，则所有偶数都是合数说法错误；
C、根据质数与合数的定义可知，最小的质数为2，最小的合数为4，1即不是质数也不是合数，则在正整数中，除了素数就是合数说法错误；
D、在自然数中，除了1和它本身外，还有别的因数的数为合数．即合数最少有三个因数，即除了1，本身，至少还要有一个因数，如4，9，等，说法正确．
故选：D．