解题思路：阅读题干和题图可知，本题涉及的知识有基因的自由组合定律和染色体变异，明确知识点后梳理相关的基础知识，然后解析题图结合问题的具体提示综合作答．
（1）果蝇的III号染色体为常染色体，亲代为黑檀体无眼果蝇与灰体有眼果蝇杂交，子一代全部为灰体有眼果蝇，说明有眼对无眼为显性，无眼为隐性性状，灰体对黑檀体为显性性状，黑檀体为隐性性状．如果无眼的基因不在III号染色体上，那么体色与有无眼就遵循自由组合定律，由此可知如果F2表现型灰体有眼：灰体无眼：黑檀体有眼：黑檀体无眼=9：3：3：1就遵循自由组合定律．将无眼基因与位于Ⅱ号染色体上的基因进行重组实验时，若实验结果与上述实验结果相似，说明该基因不在II号染色体上，这些性状和性别没关系，那最可能位于IV号染色体上．
（2）①基因突变的频率很低，如果卷翅是基因突变的直接结果，所以最可能是杂合子．如果由于卷翅基因的“携带者”偶尔交配后出现的，携带者提供一个卷翅基因，这个雄性个体表现出卷翅，最可能是隐性纯合子．
②要探究卷翅究竟是由于基因突变的直接结果，还是由于卷翅基因的“携带者”偶尔交配后出现的就用这只卷翅雄性个体与多只正常雌性个体交配．
③如果后代卷翅个体与正常个体且数量比接近1：1，这只雄性果蝇应该是杂合子，应是基因突变的直接结果．如果后代全部是正常个体或正常个体数量多于卷翅个体，这只雄果蝇应该是纯合子，应是由于卷翅基因的“携带者”偶尔交配后出现的．
故答案为：
（1）隐性 灰体有眼：灰体无眼：黑檀体有眼：黑檀体无眼=9：3：3：1相似
（2）①杂合子隐性纯合子②用这只卷翅雄性个体与多只正常雌性个体交配
③卷翅个体与正常个体且数量比接近1：1全部是正常个体或正常个体数量多于卷翅个体
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查遗传相关知识点，考查考生从图形中提取信息，分析以及对遗传定律知识点的理解和实际运用解决问题的能力．