解题思路：甲图考察的是光合作用与有氧呼吸的过程，图中①③属于光合作用暗反应，①是CO2的固定，③是C3的还原，②④属于有氧呼吸，②第二阶段，④是第一阶段，解答时根据各个过程的特点来分析；乙图考察的是光照强度和CO2的浓度对净光合速率的影响，A点的限制因素是光照强度，B点的限制因素是CO2的浓度．
A．合成物质X是光合作用的暗反应阶段，场所是叶绿体基质，合成物质Y是有氧呼吸第一阶段，场所是细胞质基质，故A错误；
B．①③是光合作用暗反应阶段，发生在叶绿体基质，②是有氧呼吸第二阶段，发生在线粒体基质，④是有氧呼吸第一阶段，发生在细胞质基质，这三个场所可以在同一个细胞中，故B正确；
C．只有0.01%和0.03%两个浓度无法确定最适CO2浓度，只能证明0.01%的CO2浓度比0.03%的CO2浓度光合作用更快，最适浓度还需要更多的浓度梯度，故C错误；
D．图乙中光照强度为A时，随光照强度的增强，光合速率升高，CO2浓度对光合速率无影响，故光合作用的主要限制因素是光照强度，故D正确．
故选D．
点评：
本题考点： 影响光合作用速率的环境因素；有氧呼吸的过程和意义．
考点点评： 本题主要考察光合作用与有氧呼吸的过程、场所、关系以及影响因素，根据相关知识解答即可．