解题思路：阅读题干可知，本题涉及的知识有DNA与RNA染色、线粒体染色、细胞呼吸场所和还原糖鉴定等知识，明确知识点，梳理相关的基础知识，结合问题的具体提示综合作答．
A、在“观察DNA和RNA在细胞中的分布”的实验中，可选用洋葱鳞片叶内表皮细胞（没有色素）作为实验材料，甲基绿使DNA呈绿色，吡罗红使RNA呈红色，A错误；
B、健那绿是活体染色剂，染色后细胞不死亡，B错误；
C、绿藻细胞有氧呼吸第一阶段在细胞质基质中进行，第二阶段在线粒体基质中进行，第三阶段在线粒体内膜中进行，C正确；
D、韭菜中糖主要是纤维素，是非还原性糖，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： DNA、RNA在细胞中的分布实验；检测还原糖的实验；观察线粒体和叶绿体；有氧呼吸的过程和意义．
考点点评： 本题考查细胞中物质或结构的鉴定，解题关键是识记实验试剂的使用和反应呈现的颜色．