A、研究乒乓球的旋转方向，兵乓球大小不能忽略，故不可以简化为点，故A错误；
B、在研究子弹穿过一张薄纸所需的时间时，子弹的长度不可忽略，不可以把子弹看作质点，故B错误；
C、研究自行车的运动速度时，自行车的大小可以不计，故可以简化为质点，故C错误；
D、用GPS定位系统研究汽车的位置时，汽车大小可以忽略不计，可以把汽车看作质点，故D正确；
故选：D．
A、研究乒乓球的旋转方向，兵乓球大小不能忽略，故不可以简化为点，故A错误；
B、在研究子弹穿过一张薄纸所需的时间时，子弹的长度不可忽略，不可以把子弹看作质点，故B错误；
C、研究自行车的运动速度时，自行车的大小可以不计，故可以简化为质点，故C错误；
D、用GPS定位系统研究汽车的位置时，汽车大小可以忽略不计，可以把汽车看作质点，故D正确；
故选：D．