解题思路：A、根据电荷守恒判断氢离子和氢氧根离子、酸根离子的关系；
B、根据弱酸溶液中氢离子浓度的变化判断溶液PH值的变化；
C、根据生成盐的类型判断溶液的酸碱性，从而判断钠离子和酸根离子的关系；
D、根据溶液的酸碱性判断溶液中各种离子浓度的相对大小；
0.1mol•L-1的HA溶液的pH=3，溶液中c（H+）=0.001mol/L，氢离子浓度小于酸的浓度，所以该酸是弱酸．
A、未加入NaOH溶液时，原HA溶液中呈电中性，即阴阳离子所带电荷相等，溶液中阳离子只有氢离子，阴离子有氢氧根离子和酸根离子，所以c（H+）=c（OH-）+c（A-），故A正确；
B、当滴入少量的NaOH，促进了HA的电离，溶液的pH升高，故B错误；
C、当该酸和氢氧化钠恰好反应时，生成的钠盐是强碱弱酸盐，酸根离子水解导致其水溶液呈碱性，故C错误；
D、假设该酸和氢氧化钠恰好反应时，生成的钠盐是强碱弱酸盐，酸根离子水解导致其水溶液呈碱性，当氢氧化钠过量时，溶液更呈碱性，所以溶液中离子浓度大小为：c（Na+）＞c（A-）＞c（OH-）＞c（H+），故D错误；
故选A．
点评：
本题考点： 酸碱混合时的定性判断及有关ph的计算．
考点点评： 本题考查酸碱混合后溶液中的离子的关系，明确酸、碱的强弱是解答本题的关键，然后利用盐类水解的知识即可解答．