解题思路：番茄的果实是由雌蕊的子房发育成的，子房壁发育成果实的果皮，胚珠发育成种子；如图：即只有胚珠的卵细胞和极核接受了精子的遗传物质，因此基因发生改变的是植物产生的种子，而由子房壁发育成的果皮其基因组成并没有改变．
将纯种红色番茄（RR）的花粉授到黄色番茄（rr）的柱头上，其遗传过程如图所示：黄色番茄植株上所结番茄的种子基因型组成为Rr，果皮是由黄色番茄的花中的子房壁发育而来的，它的基因组成为rr，故果皮为黄色．
故选：D
点评：
本题考点： 果实和种子的形成；基因的显性和隐性以及它们与性状表现之间的关系．
考点点评： 基因发生改变的是植物产生的种子，果皮的基因并没有发生改变．果皮的颜色是学生中易错的地方，只要记住果皮是由子房壁发育而来的就可正确解答本题了．