解题思路：线粒体是有氧呼吸的主要场所，叶绿体是绿色植物进行光合作用的场所，原核细胞没有核膜包被的细胞核，也没有染色体，只有拟核．
A、蓝藻细胞内不含有叶绿体，但含有藻蓝素和叶绿素，能够进行光合作用，A错误；
B、线粒体是有氧呼吸的主要场所，有氧呼吸第三阶段能产生水；核糖体是氨基酸脱水缩合合成蛋白质的场所，也能够产生水，B正确；
C、有氧呼吸的场所不一定在线粒体中，如部分好氧型细菌，C错误；
D、原核细胞没有染色质，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 线粒体、叶绿体的结构和功能；原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同；细胞器中其他器官的主要功能．
考点点评： 本题考查原核细胞、真核细胞的形态和结构、结构和功能的相关知识，主要考查考生对该知识点的识记能力、理解能力和把握知识间内在联系的能力．