解题思路：对于此类试题，要求考生能紧扣等位基因的概念答题．等位基因是指在一对同源染色体的同一位置上控制相对性状的基因．
A、等位基因是指一对同源染色体的同一位置上的、控制相对性状的基因，A正确；
B、两条非同源染色体只有非等位基因，不含等位基因，B错误；
C、两条姐妹染色单体上的基因是相同基因，不是等位基因，C错误；
D、等位基因是指一对同源染色体的同一位置上的、控制相对性状的基因，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 细胞的减数分裂；同源染色体与非同源染色体的区别与联系．
考点点评： 本题知识点简单，考查等位基因的概念，考查要求明确等位基因时指一对同源染色体的同一位置上的、控制相对性状的基因，再作出准确的判断即可，属于考纲识记层次的考查．