解题思路：阅读题干可知本题涉及的知识点是酵母菌有氧呼吸、人体肝细胞中DNA分布、蛋白质的结构和生态系统中生产者成分等，明确知识点，梳理相关知识，根据选项描述结合基础知识做出判断．
A、酵母菌有氧呼吸的场所有细胞质基质和线粒体，主要场所是线粒体，A正确；
B、人体肝细胞的DNA分布于细胞核和线粒体中，主要分布于细胞核中，B正确；
C、蛋白质中氨基在脱水缩合时形成了肽键，所以N主要存在于肽键中，C错误；
D、生态系统中的生产者是指自养型生物，包括绿色植物和进行化能合成作用的硝化细菌等，主要是绿色植物，D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 蛋白质分子的化学结构和空间结构；核酸的种类及主要存在的部位；有氧呼吸的过程和意义；生态系统的结构．
考点点评： 本题综合考查细胞呼吸、DNA在细胞内的分布、蛋白质结构和生态系统的结构等相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题的能力．