请问如何分析一个基因中的回文结构?

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  • 盼各位大牛提供点思路!谢谢了!回文结构序列是指顺读和反读都一样的序列,广泛存在于各种生物体基因组中.它可以在质粒、病毒和细菌基因组DNA以及真核染色体和细胞器中找到,并且广泛分布于人类癌细胞中.很多蛋白质的结合位点是回文结构:转录因子的结合位点,还有终止子也通常是回文结构.编码小RNA和其它非翻译RNA的基因很多片段也是回文结构.很多功能位点都是回文结构.

    有几篇文献供参考.

    Computational Methods in Science and Technology 5, 21-24 (1999)SEARCHING FOR PALINDROMIC SEQUENCES IN PRIMARY STRUCTURE OF PROTEINS

    Palindrome Patterns in Genomes Arthur Chun-Chieh Shih, D. T. Lee , Chi-Fang Chin, Hong-Yuan Mark Liao, and Wen-Hsiung Li

    bioinformatics 2000 vol 16 no 11 page 968-977

    BBRC 316 (2004) 755–762 The relationship between palindrome avoidance and intragenic codon usage variations: a Monte Carlo study Anders Fuglsang

    BBRC 310 (2003) 280–285 Distribution of potential type II restriction sites

    (palindromes) in prokaryotes Anders Fuglsang

    Theoretical comupter science 292 (2003) 9-31

    Pattern Recognition 35 (2002) 2581–2591 Finding approximate palindromes in strings

    你讲的是DNA或者RNA的.蛋白质的回文序列有没?谢了.

    qigai wrote:回文结构序列是指顺读和反读都一样的序列,广泛存在于各种生物体基因组中.它可以在质粒、病毒和细菌基因组DNA以及真核染色体和细胞器中找到,并且广泛分布于人类癌细胞中.很多蛋白质的结合位点是回文结构:转录因子的结合位点,还有终止子也通常是回文结构.编码小RNA和其它非翻译RNA的基因很多片段也是回文结构.很多功能位点都是回文结构.

    有几篇文献供参考.