微生物是指一切肉眼看不到或看不清楚，因而需要借助显微镜观察的微小生物．微生物包括原生动物、真菌和细菌、病毒．其中病毒属于寄生生活；细菌有营寄生生活的，有营腐生生活的；真菌有营寄生生活的，也有营腐生生活的．
①细菌、真菌、病毒都是微生物，但是有的个体较大如蘑菇，不正确；
②都不含有叶绿体，病毒没有细胞结构，因此只有真菌具有植物细胞的基本结构：细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，不正确；
③真菌有单细胞的酵母菌，也有多细胞的真菌如蘑菇，因此有的真菌个体较大，有的却是单细胞的个体，正确；
④病毒没有细胞结构，病毒一般由蛋白质外壳和内部遗传物质构成，正确；
⑤细菌没有成形的细胞核，因此细菌的细胞核较小，不正确；
⑥细菌渡过不良环境时常常形成休眠体--芽孢，正确；
⑦细菌、真菌、病毒没有细胞结构，因此三类生物都属于异养生物，正确．
故选：D．