解题思路：将展开图复原为几何体，如图，容易判断选项的正误，求出结果．
展开图复原的正方体如图，不难看出：
（1）BM与ED平行；错误的，是异面直线；
（2）CN与BE是异面直线，错误；是平行线；
（3）CN与BM成60°；正确；
（4）CN与AF垂直．正确
判断正确的答案为（3）（4）
故选D
点评：
本题考点： 异面直线的判定；异面直线及其所成的角；空间中直线与直线之间的位置关系．
考点点评： 本题考查异面直线的判定，异面直线及其所成的角，空间中直线与直线之间的位置关系，几何体的折叠与展开，考查空间想象能力，是基础题．