解题思路：基因工程的工具包括限制酶、DNA连接酶和运载体，其中限制酶具有特异性，即一种限制性核酸内切酶只能识别一种特定的脱氧核苷酸序列；运载体中标记基因可用于筛选含有重组DNA的细胞．将目的基因导入植物细胞常采用农杆菌转化法，成功转入目的基因的受体细胞还需采用植物组织培养技术才能培育成转基因植株，但基因工程技术不能产生新物种．
①一种限制性核酸内切酶只能识别一种特定的脱氧核苷酸序列，故①错误；
②若要生产转基因抗病水稻，可采用农杆菌转化法，即先将目的基因先导入到农杆菌中，再转入水稻细胞中，故②错误．
③载体上的抗性基因属于伴标记基因，有利于筛选含重组DNA的细胞，故③正确；
④基因工程中的标记基因有利于目的基因的筛选，但不能作用于目的基因的表达，故④错误；
⑤将受体细胞培育成转基因植物，需要采用植物组织培养法，其原理是植物细胞的全能性，故⑤正确；
⑥可以利用基因工程培育生物的新品种，但不能形成新物种，故⑥错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术．
考点点评： 本题考查基因工程的相关知识，意在考查考生的识记能力和理解所学知识要点，把握知识间内在联系，形成知识网络结构的能力；能运用所学知识，对生物学问题作出准确判断的能力．