Question

相隔1Kb的两个酶切位点在进行双酶切时会破坏彼此的酶切位点吗?如果会,有没有避免的方法?

Answer 1

这个距离隔得算是还可以啊,一般一个酶的作用位点才4-6个碱基,1000个碱基还相互干扰的比较少.如果特别担心,可以换成两次单酶切,先切A,稍微过下柱子,再切B,如果没有问题,反过来用B先切,过柱后再切A.如果两种都没问题,可能要考虑是不是两种酶一起双酶切的时候,buffer或者温度选的不合适,或者是其中一个酶产生了星号活性,有非特异切割,导致你目前碰到的问题.

如果上述都没问题,那么说明AB两个酶一起双切是不应该有问题.如果发现找不到合适的通用buffer,最后就还是只能分开切了.